一、有机肥养分不均衡
有机肥所含养分种类较多，与养分单一的化肥相比是优点，但是它所含养分并不均衡，不能满足作物高产优质的需要。在施用有机肥时应根据作物对养分的要求配施化肥，即使生产绿色食品的农田也要配施适量矿物肥，并在作物生长期间配施各种叶面肥。
二、有机肥养分含量低
有机肥虽然所含养分种类较多，但养分含量较低，且在土壤中分解较慢，在有机肥施用量不是很大的情况下，很难满足作物对营养元素的需要。而化肥养分含量高，肥效迅速，可根据作物需要量的多少，有针对性地补充，但肥效期短。为了获得高产，应将有机肥与化肥配合施用，取长补短，发挥各自的优势，在数量和时间上满足作物对各种营养元素的需要。
三、有机肥需经过发酵处理
许多有机肥带有病菌、虫卵和杂草种子，有些有机肥中含有不利于作物生长的有机化合物，所以均应经过发酵、加工处理后才能施用，生粪不能进地。
四、有机肥施用有禁忌
充分腐熟的有机肥不宜与碱性肥料混用，以免造成氨的挥发，降低有机肥养分含量。有机肥含有较多的有机物，不宜与硝态氮肥混用。
